Ayvalık’ın en önemli yapılarından biri
Kentin içindeki en ünlü ve en önemli dini yapı Panagia Phaneromeni Ayazması’ydı. Panagia’nın ikonası bir rüyanın sonrasında yapılan kazı ile 28 Haziran 1852 yılında bulundu. Buraya 1867 yılında Khioslu Kaptan Mihalis Pappazis’in harcamalarıyla bir ayazma yapıldı. İlk ayazma 1890 yılında bozularak aynı yılda üzerine daha büyük bir ayazma inşa edildi. Panagia Phaneromeni Ayazması kentin dini yaşantısında 1920 yılına kadar egemen oldu. Panagia Phaneromeni Ayazması 1922’den sonra, bölgenin tümüyle Türklerin eline geçmesiyle etkinliğini tamamen yitirdi.
Panagia, Ortodokslarca Meryem Ana’ya verilen addır. Bizans ve Ortodoks ikonografisinde kiliselerdeki Meryem betimlerine ve ikonalarına da Panagia denilir. Phaneromeni ise canlanan, yeniden ortaya çıkan, görünen anlamındadır. Yani Meryem Ana’nın bir sıfatıdır. İsminden de anlaşılacağı üzere bu yapı, Meryem Ana için yapılmıştır.
Yunanistan’ın bağımsızlığına yol açan 1821 Mora Ayaklanması, Batı Anadolu kıyılarına da sıçradı. Bunun sonucunda Ayvalık ve Cunda Adası Rumları da isyancılarla birleşerek 1821 yılının Mayıs ayında saldırıya geçtiler. Halkın büyük bir bölümü Ayvalık’ı terk ederek adalara sığındı. Mora İhtilali henüz bitmeden İstanbul, dağılmış olan Ayvalık Rum halkının eski yerlerine dönmeleri konusunda ılımlı davrandı.
Ayvalık halkının affedilmesi ve dönenlerin yerleştirilmesi konusunda bir buyruk çıkarıldı. 18 Mayıs 1824 tarihinde Midilli Muhafızı Mustafa Ağa’dan Babıâli’ye gönderilen bir yazıda, Ayvalık ve Cunda Adası halkının “celp ve iskân” edildiği ifade ediliyordu. Yavaş yavaş Ayvalık ve Cunda Adası’na gelerek yerleşen Rum halkına daha sonra zeytinlikleri verildi.
Rum halkın geriye dönmeleri 1832 ile 1840 yılları arasında tamamlanmış olmalıdır. Bu karışıklık yıllarında Ayvalık oldukça tahrip olmuştu. Ayvalık’ın yeniden canlanmasıyla kiliseler ve önemli yapıların tümü, 19. yüzyılın ikinci yarısında yapılmıştı. Ayvalık Ayazması da yine bu zamandandır.